Contrairement à ce que l'on pourrait penser, les mégalithes ne sont pas immuables. Comme toute L'architecture, ils participent à la vie des hommes qui les ont utilisés et adaptés à leurs besoins à toutes époques : le Petit-Mont a été transformé en sanctuaire gallo-romain, le dolmen de Cruz-Moquen à Carnac a été christianisé, de nombreux autres ont été exploités en carrière dès l'Antiquité (la Table-des-Marchands) et jusqu'à nos jours (les alignements du Petit-Menec, les dolmens de Rondossec).
Au temps même où ils étaient fonctionnels, ces monuments ont fait l'objet de transformations et d'adaptations par les hommes du Néolithique.
- Accrétion de cairns ou tertres, avec deux exemples remarquables : les cairns du Petit-Mont et le tumulus d'Er-Grah à Locmariaquer,
- Agrandissements ou modifications du plan pour certains groupements de menhirs comme les alignements de Kermario : tertre du Manio "enjambé" par ce qui est probablement une extension des alignements, menhirs hors des files près de la "Petite-métairie" témoignant d'un probable état antérieur,
- Changement de destination d'un monument (la stèle en grès de Locmariaquer incorporée dans la tombe de la Table-des-Marchands ou l'accès de Gavrinis condamné en fin d'utilisation),
- Démolition de monuments avec ou sans réutilisation des éléments dans de nouvelles constructions. Deux exemples sont particulièrement spectaculaires : la destruction de l'alignement lié au Grand-Menhir de Locmariaquer avec probable réemploi des blocs dans une seconde génération de monument et la récupération de dalles déjà ornées pour construire Gavrinis.
Le dolmen christianisé de Cruz-Moquen à Carnac d'après une gravure ancienne.
A Kermario, plusieurs menhirs disposés transversalement par rapport aux files pourraient être les reliques de structures antérieures aux alignements actuels.