La stabilité du milieu humide a favorisé la longue conservation de vestiges néolithiques exceptionnels à Chalain et à Clairvaux. Mais depuis 1904, date de l'abaissement artificiel du niveau du lac de Chalain, cette stabilité a été rompue.
Des formes nouvelles d'agression du milieu se sont multipliées et tous les habitats stratifiés sont menacés de disparition à plus ou moins long terme. Se pose donc la question du devenir de ces zones archéologiques, longtemps entre les mains des collectionneurs et aujourd'hui directement sous l'influence d'une pression touristique estivale particulièrement forte.