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Les plantes alimentaires
L'alimentation des populations néolithiques reposait en grande partie sur la culture les céréales (blés, orges) et des légumineuses (pois).
À Chalain et à Clairvaux, les pollens de céréales sont si nombreux dans les villages qu'ils en masquent souvent l'évolution du couvert végétal naturel. Le pois, une légumineuse intéressante pour enrichir les sols en azote, était particulièrement apprécié au cours des 31e-30e siècles, lorsque la densité de population a connu son maximum et que les cycles d'abandon des champs à la forêt se sont ralentis.
Blé en épis.
En plus de ces plantes dont la culture a été organisée, l'humble plante qu'est le coqueret semble avoir un statut hybride entre la culture et la cueillette.
Physalis alkekengi est très connu aujourd'hui pour l'aspect décoratif de ses capsules oranges vivement colorées, qui contiennent une baie particulièrement riche en vitamine C. C'est une plante sauvage, bien sûr, mais elle tend à se développer rapidement sur les terres cultivées laissées à l'abandon. Elle a été énormément consommée à Chalain et à Clairvaux.
Coqueret ou "cage d'amour".
Les plantes non alimentaires
À côté des céréales qui constituent à la fois la base alimentaire et un moyen de contrôle social par le biais des greniers, des plantes non alimentaires (hormis peut-être les graines pour l'huile) reçurent des soins particuliers. C'est le cas du pavot à opium dont les graines ont été retrouvées en très grande quantité dans certains villages. On ne peut démontrer, en toute rigueur, l'utilisation du latex pour l'opium, mais cette plante, issue de Méditerranée occidentale, a été très tôt diffusée parmi les cultivateurs et les a accompagnés tout au long de leur histoire, au moins jusqu'à la fin de l'Âge du Bronze.
Pour ce qui est du lin, ses fibres ont été utilisées pour la fabrication de tissus qui n'étaient pas destinés à un usage quotidien, banal, mais réservés aux occasions festives et cérémonielles.
Capsule de pavot