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Les effondrements et les glissements
Bien qu'ayant permis la découverte des sites archéologiques de Chalain, la baisse brutale du niveau du lac n'en est pas moins la cause de leur destruction partielle. En effet, des pans entiers de craie lacustre renfermant les vestiges se sont effondrés et ont glissé en eau profonde. Au total, près de 30 hectares ont été détruits entre 1904 et 1909.
Aujourd'hui, ces blocs d'effondrement gisent entre 8 et 20 mètres de profondeur sous le plan de l'eau à l'étiage, parfois à plus de 200 mètres de la rive actuelle.
Zones détruites entre 1904 et 1909.
D'après P. Pétrequin.
Bloc d'effondrement.
Chalain 21, 27e siècle av. J.-C.
L'érosion par le ressac
Sur les rives déstabilisées par les variations artificielles du niveau du lac, avec des batillages annuels de l'ordre de 8 mètres, l'érosion par le ressac s'est trouvée accentuée pendant près d'un siècle, provoquant le recul des rives et la disparition d'une partie considérable des sites néolithiques.
L'assèchement et la compaction des sédiments
Jusqu'en 1983, EDF a continué à entretenir des bas niveaux du lac pendant l'hiver, pour rentabiliser au mieux la production hydroélectrique de Chalain. Ces baisses artificielles répétées ont conduit à la vidange progressive des nappes phréatiques et à la compaction des sédiments crayeux de bord de lac qui se sont affaissés progressivement, parfois jusqu'à 4 mètres en dessous de leur cote d'origine.
Quant au lac de Clairvaux, où le niveau connaît seulement des variations de l'ordre de 1 mètre, ce sont les remblaiements sauvages qui menacent toute la zone archéologique au nord du Grand Lac. De plus, au sud du lac, les drains artificiels se multiplient pour tenter d'assécher le bas marais, au détriment des sites néolithiques.