Les fouilles archéologiques ont reconnu 191 inhumations sur le site de Saint-Germain. Les sépultures sont en effet présentes en abondance sur les sites religieux, en particulier lorsqu’ils contiennent des reliques. En effet, la population, laïcs comme clercs, souhaite profiter de l’intercession des corps saints lors du jugement dernier.
Des inhumations auprès des saints
Développée autour du culte des reliques, l’abbaye Saint-Germain attire les fidèles non seulement de leur vivant comme pèlerins ou bienfaiteurs mais aussi au-delà de la mort comme défunts. Nombreux sont ceux qui manifestent le désir de reposer ad sanctos, c’est-à-dire au plus près du corps saint dans l’espoir que cette proximité fasse rejaillir sur eux sa sainteté. Dès l’origine avec l’oratoire dédié à saint Maurice d’Agaune le sanctuaire accueille en ses abords des inhumations. Elles sont en sarcophage de pierre, en coffrage de bois ou en pleine terre, aussi bien à l’intérieur qu’à l’extérieur de l’abbatiale, notamment dans l’espace du cloître.
Les sépultures privilégiées
Les cryptes de Conrad sont un espace d’inhumation privilégié dans l’ensemble monastique. Elles abritent de nombreuses sépultures en sarcophage déposées aussi bien dans la Confession que dans les couloirs d’accès au tombeau de Germain. La plupart des successeurs de Germain sur le siège épiscopal auxerrois élisent sépulture dans l’abbaye et viennent ainsi s’inscrire dans la continuité d’une vénération. La sépulture de certains pontifes s’accompagne parfois d’inscriptions qui identifient les défunts.
Les inhumations monastiques
Au milieu du XVIIe siècle, Dom Cottron écrit que les moines selon leurs fonctions étaient inhumés dans des espaces différents : « Il faut noter que c’était autrefois la coutume parmi les serviteurs de saint Germain que les abbés soient enterrés dans l’église (mais pas cependant dans le chœur ou dans les cryptes) ou dans les salles capitulaires, les prieurs dans la salle capitulaire, les chantres sous le cloître du côté de l’église, les autres officiers sous les autres ailes du cloître et enfin les moines du chœur dans l’aire centrale du cloître ». Toutefois, un autre document du XIIe siècle donne le droit à tous les religieux « d’enterrer toutes sortes de personnes sauf les excommuniés et les interdits ». Aucune trace de ces sépultures monastiques n’est malheureusement attestée par l’archéologie.
