À la mort de saint Colomban en 615, le monachisme est bien installé en Gaule, notamment en Bourgogne, contrée où l’irlandais a directement exercé son influence. À Saint-Germain, c’est durant la seconde moitié du VIIe siècle que s’opère la mutation d’une basilique desservie par des clercs, en un établissement régulier occupé par des moines.
Le développement du monachisme en Gaule
Le désir de suivre rigoureusement les conseils évangéliques inspire certains fidèles à respecter des règles précises. Certains sont des moines, qui ont pour première vocation la recherche de la solitude, en ermite ou avec d’autres religieux formant une communauté rassemblée dans un monastère. L’isolement et le respect d’une règle de vie communes, permettent d’entrer plus intensivement en union avec le Christ à travers la prière. Colomban, moine irlandais du VIe siècle, rédige deux règles qui influencent grandement le développement du monachisme en Gaule. Elles considèrent notamment que les deux vertus fondamentales du moine sont le refus des richesses et la chasteté. Colomban se rend d’ailleurs à Auxerre après avoir été forcé de quitter son monastère jurassien de Luxeuil.
La première communauté de Saint-Germain.
Entre les Ve et VIIIe siècles, aucune communauté monastique n’est attestée à Saint-Germain. Un groupe de clercs est toutefois présent et rend un culte aux anciens évêques de la cité, en particulier à Germain. Les sources écrites ne nous permettent pas de déterminer avec précision le moment où Saint-Germain passe du statut de basilique à celui de monastère. Une hypothèse fait remonter l’installation d’une première communauté au temps de la reine Bathilde, femme de Clovis II (639-657), et régente jusqu’à son retrait au monastère de Chelles en 665-666. Son hagiographie rapporte son désir de développer le monachisme dans le royaume franc sur le modèle imposé par saint Colomban. Pour ce faire elle demande aux grandes basiliques de Gaule du Nord d’instaurer avec rigueur la règle de saint Benoît et permet une plus grande autonomie monastique face aux évêques. Une communauté régulière est attestée pour la première fois avec certitude à Saint-Germain sous le pontificat d’Hainmar d’Auxerre (720-735). Ce dernier distribue en effet une partie de son patrimoine aux églises de son diocèse et « à l’église Saint-Germain pour l’entretien des moines ».
