Le premier monument du site est édifié par l'évêque de la cité, Germain (418-448), au milieu du Ve siècle. Il s'agit certainement d'un sanctuaire qui accueille les reliques de saint Maurice d'Agaune.
L'homme
Né vers 378 dans la région auxerroise Germain appartient à une famille aristocratique de propriétaires fonciers gallo-romains, actifs dans le gouvernement de la cité. D'abord formé aux arts libéraux en Gaule, il parfait son éducation juridique à Rome. Si les fonctions qu'il y exerce restent obscures, sa notoriété semble grande dans sa cité natale. Il est en charge au moment des migrations des populations germaniques barbares dans l'empire. Peu de temps avant sa mort l'évêque d'Auxerre Amâtre, inspiré par Dieu, voit en Germain son successeur. Poussé par le pontife, Germain reçoit malgré lui la tonsure. Amâtre étant mort, Germain est alors élu d'une voix unanime sur le siège épiscopal en 418. Une fois évêque, il choisit pour combat la rigueur de l'ascèse et le service de l'Église et des fidèles. Il intervient auprès de l'impératrice Galla Placidia en faveur des Armoricains en rébellion. Germain meurt en 448. Il est inhumé dans l'oratoire qu'il avait fait bâtir en l'honneur de saint Maurice d'Agaune.
Le missionnaire
Germain d'Auxerre est particulièrement connu pour son action évangélisatrice auprès des populations de Bretagne insulaire converties à l'hérésie pélagienne. Un synode réuni à l'instigation du pape Célestin Ier (422-432) décide l'envoi de missionnaires pour combattre cette erreur. Germain effectue ainsi deux voyages pour ramener les Bretons à l'orthodoxie catholique, l'un en 429, l'autre vers 431. Tandis que le pontife obtient de nombreuses conversions, les Bretons sont menacés par les incursions des Pictes et des Saxons sur leur territoire. Germain prend alors la tête des troupes fraîchement baptisées, les enjoignant de reprendre ses propos avec force. La clameur d'un Alléluia prononcé par trois fois par les Bretons assemblés en ordre de bataille a raison des agresseurs. Les informations rassemblées ici proviennent en grande majorité de son hagiographie rédigée par Constance de Lyon à la fin du Ve siècle. L’interprétation de ces textes doit être faite avec prudence puisque leurs auteurs cherchent souvent à inventer un passé glorieux aux saints, faisant de ces derniers des modèles pour la société.
Le bâtisseur d'églises
Pendant son épiscopat, Germain fonde dans sa cité et son diocèse plusieurs églises dans lesquelles il établit le culte de saints dont il a rapporté des reliques de ses différents voyages. Durant sa première mission chez les Bretons pélagiens il fait ainsi un pèlerinage au tombeau d'Alban, martyrisé sous la domination romaine vers 300. Ayant obtenu des ossements du corps saint, il fait bâtir à son retour à Auxerre une basilique dédiée à ce martyr breton où il fait exposer les reliques à la vénération des fidèles.
