Si la vie monastique connaît un certain renouveau au XVIIe siècle, elle est profondément atteinte par la Révolution. Les biens de l’Église sont alors mis à la disposition de la nation, entraînant le démantèlement de la plupart des établissements réguliers.
La Révolution à Saint-Germain
Au moment de la Révolution, Saint-Germain subit le sort de tous les domaines ecclésiastiques. L’abbaye, vendue comme bien national, voit sa communauté régulière démantelée. Au début du XIXe siècle, naît un projet d’aménagement de l’ancien espace ecclésial en hôpital. L’avant-nef et les trois premières travées de la nef sont démolies en 1811 pour réaliser une esplanade utilisée comme nouvel accès monumental à l’hôpital. Seule la tour Saint-Jean au sud de la façade est épargnée. L’espace rasé entre la tour et la nef gothique reste sous cette forme jusqu’à aujourd’hui.
Rénovation contemporaine
L’ensemble monastique, propriété de la commune auxerroise, est progressivement aménagé en musée à partir de 1970. Le cloître, l’église et la crypte sont intégrés au circuit de visite tandis qu’une partie des bâtiments monastiques abrite les collections muséographiques. Le monastère fait actuellement l’objet de campagnes de restauration par les Monuments historiques depuis 1984. Les travaux comportent un réaménagement des espaces d’exposition. L’abbatiale, toujours consacrée, reste régulièrement ouverte au culte notamment en quelques occasions comme la célébration anniversaire de la mort de Germain. Une campagne d’étude archéologique de l’abbaye et plus particulièrement de l’espace ecclésial détruit en 1811 a débuté en 1989. Les résultats sont aujourd’hui accessibles au public.
