En décryptant la mémoire du sol, l'archéologie a pour objectif de valider ou d'infirmer les connaissances acquises et de compléter les hypothèses posées en amont de la recherche. Les archéologues font dès lors appel à des techniques de plus en plus sophistiquées.
La pluridisciplinarité à Saint-Germain
De multiples méthodes de l'archéologie médiévale furent développées à Auxerre sur le site de Saint-Germain : fouilles stratigraphiques, enregistrement et traitement informatique des données, relevés en plan et en élévation, étude typologique du matériel furent menés conjointement avec l'aide de spécialistes lorsque cela s'avéra nécessaire. Le travail archéologique de terrain s'effectue parallèlement aux investigations historiques et architecturales. Le plus grand intérêt d’un tel programme est qu’il permet à chaque discipline de se compléter. En ouvrant suffisamment le champ de la recherche, il permet de se donner pleinement les moyens de tirer profit des informations recueillies et de les recouper. Par exemple, lorsque des enduits peints furent découverts en fouille, l'archéologie vint alors confronter les données monumentales des cryptes. Les relevés détaillés des maçonneries y compris dans les endroits les moins accessibles contribuèrent non seulement à la lecture archéologique du bâti mais permirent parfois de retrouver des éléments connus par les sources anciennes. Ainsi les griffons ailés retrouvés réemployés dans les élévations intérieures de la tour Saint-Jean étaient connus par un dessin du mur extérieur sud de l'avant-nef, réalisé au XVIIIe siècle.