La crypte, lieu d'inhumation privilégié, en plus de recevoir en son centre la tombe de saint Germain, rassemble aussi les sarcophages et les sépultures de nombreux autres évêques et personnages importants. La disposition des sépultures épiscopales, en jaune sur le plan, est peut-être identique au positionnement carolingien puisque rien ne laisse supposer des déplacements.