L’abbaye Saint-Germain, propriété de la ville d’Auxerre depuis 1984 est, à ce titre, accessible au public. Les bâtiments monastiques sont alors aménagés en musée. L’aile orientale abrite d’ailleurs aux étages les collections archéologiques illustrant les occupations préhistoriques et antiques dans le département.

Le patrimoine monumental

Depuis son classement comme Monument historique, en 1971, l’abbaye Saint-Germain d’Auxerre est l’objet de plusieurs campagnes de restauration. L’abbatiale, le cloître et les bâtiments monastiques peu entretenus depuis la Révolution et transformés en hôpital avaient, en effet, besoin de travaux de consolidation. Ils se firent dans une perspective architecturale et patrimoniale pour une présentation au public. La crypte est aussi aménagée pour permettre aux visiteurs, accompagnés d’un guide, d’explorer ces souterrains. La salle capitulaire du XIIe siècle dans l’aile est du cloître, le réfectoire dans l’aile nord, les structures et les toitures des bâtiments claustraux, ainsi que le cellier sont aujourd’hui rénovés. L’abbatiale a retrouvé son espace originel avec la crypte archéologique qui participe pleinement à la nouvelle présentation du sanctuaire monastique depuis la tour romane Saint-Jean jusqu’au chevet gothique en passant par les cryptes carolingiennes. Une zone de jardins est envisagée autour de l’abbaye afin de restituer l’occupation de l’espace telle qu’elle apparaît dans les plans anciens des Mauristes aux XVIIe et XVIIIe siècles.

Le patrimoine muséographique

Après le départ de la communauté monastique à la Révolution, l’abbaye est transformée en hôpital. Ces activités hospitalières se poursuivent jusqu’en 1982 même si les services déménagent progressivement dès 1968. C’est à cette époque qu’est décidée la création d’un musée dans l’enceinte de l’abbaye afin d’y exposer des collections accumulées depuis le début du XIXe siècle et jusqu’alors gérées par une société savante auxerroise, la Société des Sciences Historiques et Naturelles de l’Yonne. L’aménagement des salles muséographiques se fait en liaison avec les restaurations de l’abbaye. La présentation des collections gallo-romaines inaugure l’ouverture du musée au public en 1988. Une salle de préhistoire et de protohistoire est ensuite ouverte en 1992. Enfin, les collections médiévales ont été exposées au début des années 2000 avant d’envisager l’aménagement des salles consacrées aux Beaux-Arts. Le musée organise ou accueille régulièrement des expositions, des conférences ou des colloques qui offrent au public les perspectives renouvelées de la recherche actuelle, notamment dans les domaines historiques et artistiques. L’enceinte du musée abrite également une artothèque gérée par ses services. Il s’agit d’une collection de 700 œuvres contemporaines originales, comportant aussi bien des gravures, des peintures que des estampes. Particuliers ou institutions peuvent ainsi emprunter trois à cinq œuvres pour deux mois renouvelables.