Entreprendre des recherches archéologiques nécessite d’une part de nombreux spécialistes aux compétences diverses, ainsi que de multiples organismes partenaires qui soutiennent et financent ce projet d’envergure.
Des spécialistes
Un programme de recherche de l'ampleur de celui de Saint-Germain fait appel à des compétences multiples. Archéologues, historiens, historiens de l'art, architectes et dessinateurs forment le noyau dur de l'équipe investie dans ce projet. Au fil des interventions et à mesure des évolutions de l'étude d'autres spécialistes furent sollicités pour élargir les investigations. Anthropologues et paléopathologues éclairèrent les inhumations mises au jour. Dendrochronologues s'attachèrent à l'examen des bois. Les restaurateurs d'objets, de lapidaires et de peintures murales, permirent la consolidation des structures dégagées et rendirent possible leur présentation. Géologues et chimistes furent des auxiliaires précieux dans l'étude des sédiments archéologiques, des pierres et des enduits présents sur le site. L'étude des objets archéologiques nécessita aussi le recours à des numismates ou des céramologues. Des physiciens trouvèrent enfin leur place à travers la prospection, mais, on eut aussi recours à la spectrométrie Raman afin d'identifier les pigments utilisés dans les enduits peints de la crypte carolingienne. Une partie de la lumière reçue par la matière est diffusée avec des changements de longueur d'onde dont les spectres électromagnétiques correspondent aux compositions physico-chimiques des composants et constituent donc leurs cartes d'identité.
Des organismes partenaires
La mise en œuvre d'un programme de recherche archéologique étendu sur l'abbaye Saint-Germain d'Auxerre n'aurait pu se faire sans la collaboration étroite de nombreuses institutions et la volonté de leurs acteurs. CNRS, Collège de France et municipalité d'Auxerre s'engagèrent dès l'origine à soutenir activement le projet. Les cadres administratifs et financiers supports indispensables de la recherche tout au long de ces années furent assumés en partenariat par le ministère de la Culture (sous-direction de l'archéologie, Service régional de l'archéologie et monuments historiques), les collectivités locales (ville d'Auxerre) et territoriales (conseil général de l'Yonne et conseil régional de Bourgogne). Les investissements conjugués et renouvelés de ces partenaires depuis 1986 ont été les moteurs du travail accompli. Le développement de ce programme permit la création à Auxerre en 1996 d'un Centre d'études médiévales, cadre désormais structuré de la recherche sur le Moyen Âge en Bourgogne en association avec le CNRS, l'Université de Bourgogne, et le ministère de la Culture au sein de l'Unité mixte de recherche 5594 : « Archéologie, cultures et sociétés. La Bourgogne et la France orientale du Néolithique au Moyen Âge ».