Le monastère est un espace de prière, car les moines en sont les spécialistes. On distingue l’oraison personnelle du frère dans le cloître et l’oraison de la communauté des moines assemblée dans l’abbatiale. Ces prières monastiques obéissent à des rites liturgiques et s’organisent selon des rythmes énoncés dans la règle et les coutumes régulières.
La liturgie monastique
Les frères viennent chanter les psaumes et lire des passages de la Bible pendant l’office des heures qui se déroule à huit reprises durant la journée et la nuit. À ces offices divins s’ajoute la célébration de l’eucharistie par les moines-prêtres. Leur nombre s’accroît pendant le haut Moyen Âge et correspond à un important développement des autels. La commémoration des défunts bienfaiteurs du monastère peut ainsi s’accomplir en parallèle sur les différents autels. La multiplicité des autels présents à Saint-Germain permet la tenue de plusieurs messes en même temps. Raoul Glaber, chroniqueur du XIe siècle qui fut moine à Saint-Germain, rapporte que l’abbatiale comportait alors vingt-deux autels.
La règle de saint Benoît
La règle bénédictine est rédigée à partir de 534 et corrigée par son auteur, saint Benoît, tout au long de sa vie. L’objectif de ce texte est d’encadrer la vie des communautés cénobitiques en se focalisant aussi bien sur la vie quotidienne que sur la spiritualité et les vertus monastiques. Il s’agit de conseils qui prennent la forme de listes d’actions à faire ou à ne pas faire. Initialement rédigé pour le monastère italien du Mont-Cassin, fondé par saint Benoît, sa règle se répand rapidement en Gaule et de nombreuses communautés monastiques, appelés bien plus tard bénédictines, suivent ce règlement. Toutefois, avant la fin du VIIe siècle les monastères restent très indépendants quant à leur organisation et chaque communauté peut instituer la règle et les coutumes suivies par les moines.
Les transformations du monachisme
À la disparition de saint Colomban en 615, le monachisme est bien implanté en Gaule, particulièrement dans les régions où l’Irlandais s’est rendu, comme à Auxerre. À la fin du VIIe siècle, la majorité des monastères colombaniens adoptent des règles dites mixtes, c’est-à-dire qu’elles empruntent à d’autres textes des normes et des coutumes, principalement la règle rédigée par saint Benoît. Durant le VIIIe siècle, les progrès du modèle bénédictin se poursuivent en Gaule et supplantent même complétement celui instauré par Colomban deux siècles plus tôt. Au IXe siècle, Louis le Pieux, suivant le désir de son père Charlemagne d’uniformiser son royaume, enjoint à tous les abbés de son Empire d’instaurer la règle de saint Benoît dans leur monastère.