À partir des premières décennies du VIIIe siècle, l’Ouest de la Bourgogne passe sous la coupe des Carolingiens. Désormais, et pendant plus de deux siècles, les liens entre la dynastie et Saint-Germain se font plus étroits. Cet attachement de la famille carolingienne au monastère permet à l’édifice de prendre de l’ampleur et de connaitre de nouveaux aménagements et reconstructions à partir du IXe siècle.

La famille carolingienne et Saint-Germain

Avec les Carolingiens, la basilique funéraire de Germain devenue un monastère, est à présent sous la protection royale. Charles le Chauve, roi de Francie occidentale (843-877), témoigne tout particulièrement de son attachement à l’abbaye auxerroise. Il lui accorde des diplômes pour garantir son patrimoine foncier et veille à préserver ses privilèges. Le roi fait aussi de fréquents séjours dans le monastère de Germain et manifeste une grande vénération pour le corps du saint évêque. Il assiste par deux fois, en 841 et 859, à la translation des précieuses reliques de Germain à l’occasion de la construction de la nouvelle crypte entreprise par son oncle Conrad.

Les principales transformations

L’une des modifications les plus radicales de l’abbaye est la reconstruction, au IXe siècle, de son chevet, c’est-à-dire la partie la plus sacrée de l’édifice, située à l’extrémité du chœur de l’église, derrière le maître-autel. Les recherches archéologiques ont aussi mis au jour le développement quasi contemporain d’une nef, et d’une avant-nef.  L’analyse des maçonneries et des niveaux de sols laisse supposer que la construction de cet ensemble fut concomitante avec l’édification des cryptes, à partir de 841. Le peu de vestiges conservés ne permet pas de resituer intégralement l’ensemble du site du IXe siècle. Ce dernier devait probablement s’adapter aux réformes de la législation monastique et d’accueil des pèlerins de plus en plus nombreux.