Durant la période mérovingienne (VIe-VIIIe siècle), le petit oratoire qui sert de lieu d’inhumation aux évêques d’Auxerre devient rapidement une importante basilique funéraire dédiée au culte de Germain, considéré comme saint peu de temps après sa mort.
Clotilde, reine des Francs
Clotilde est membre de la famille royale des Burgondes, alliée des Francs lors de la guerre les opposant aux Wisigoths conclue par la bataille de Vouillé (507). Elle est la seconde épouse du roi des Francs Clovis et, en tant que catholique, Clotilde joue, selon Grégoire de Tours, un rôle important dans la conversion de ce dernier. Elle est la première reine chrétienne à fonder de nombreux établissements religieux. Après la mort de son mari, elle reste quelque temps auprès de ses fils puis se retire au monastère de Saint-Martin à Tours.
La nouvelle basilique
Au début du VIe siècle, la reine Clotilde, désirant honorer le culte de Germain, décide selon les Miracles de saint Germain rédigés dans le dernier quart du IXe siècle de faire reconstruire son mausolée en une basilique funéraire plus vaste et digne du renom de l’évêque. La rénovation est aussi connue grâce à l’épitaphe de l’évêque d’Auxerre Loup, qui précise que, venu avec la reine dans sa cité et mort peu après, il se fait inhumer dans la nouvelle basilique construite par celle-ci. La basilique fait à cette époque environ 50 m de long. Entre la fin du VIe et le début du VIIIe siècle de nombreux aménagements sont apportés à l’édifice. En particulier, la reprise du chevet, et des annexes reconnaissables par l’étude des structures et des mortiers. La partie est de l’édifice n’est pas connue mais elle semble servir de base à la construction des cryptes carolingiennes comme le laissent supposer certains mortiers de cet oratoire.
Des inhumations au plus près des saints
Le nombre des chrétiens qui se font inhumer au plus près des corps saints des pontifes s’accroît entre les VIe et VIIIe siècle. Cet essor a lieu en même temps que la récente conversion des Francs au catholicisme, alors qu’ils étendent leur domination à l’ensemble de la Gaule. Les saintes sépultures, médiatrices entre l’ici-bas et l’au-delà, sont réputées comme permettant un meilleur accès au paradis lors du jugement dernier. Le fidèle qui se met sous la protection d’un saint patron est, en effet, présenté devant Dieu par ce dernier. Des vertus miraculeuses sont aussi accordées à ces tombeaux, il s’agit le plus souvent de la capacité à soigner les malades.
