Dans un édifice de l’importance de Saint-Germain des restaurations sont régulièrement nécessaires. Elles alternent avec des chantiers de plus grande ampleur souvent élaborés dans des contextes d’affirmation du pouvoir abbatial.
La double restructuration de Saint-Germain
La fin du Xe et le XIe siècles sont pour Saint-Germain un temps de restructuration. L’observance et la rigueur monastique sont rétablies grâce à la réforme insufflée dès les années 989 par l’abbé de Cluny Maïeul et son disciple Heldric appelés à Auxerre par le duc Henri de Bourgogne pour restaurer la discipline et l’ordre régulier. Le renouveau abbatial s’accompagne d’une récupération des possessions foncières et du rétablissement d’une communauté conventuelle. La réforme dynamise le monastère qui voit affluer les donations et rayonne sur tout l’Ouest bourguignon. Cet essor favorise la rénovation de l’église abbatiale entreprise dans la première moitié du XIe siècle.
L’avant-nef et la nef
À la différence des états carolingien et gothique, aucun élément reconnu dans la fouille du cloître ne semble appartenir à la reconstruction romane (XIe siècle). À cette époque toutes les reconstructions se concentrent sur l’église, et plus précisément sur la nef, qui correspond à la première partie de l’édifice. Le chœur et la crypte sont uniquement renforcés au XIe siècle. Il faut, en effet, attendre le XIIIe siècle et des réédifications dans un style gothique pour que le chœur soit rénové. Le nouvel édifice développe le principe des voûtements de pierre dans son avant-nef grâce à des piliers cruciformes qui soutiennent à chacun de leurs ressauts la retombée des voûtes d’arêtes et des arcs doubleaux. L’avant-nef comprend deux rangés de quatre piliers cruciformes, qui laisse ensuite place à la nef composée de colonnes circulaires.
La construction de la Tour Saint-Jean
Au XIIe siècle l’abbaye fait encore l’objet de quelques aménagements. En façade de l’abbatiale, une haute tour, mesurant actuellement 53 m, dédiée à saint Jean, vient s’inscrire en symétrie avec celle de saint Maurice aujourd’hui disparue. Sa flèche de pierre témoigne encore des progrès des techniques architecturales. La face ouest de la tour est décorée de deux frises de pierres sculptées au XIe siècle. Ces dernières représentent des animaux tels que des paons, des quadrupèdes et des griffons. À l’intérieur sont également visibles deux pierres sculptées issues de ce même décor de frise et remployées au XIIe siècle.
