Pendant plus de dix ans des chercheurs de tous horizons se sont évertués à étudier l’abbaye Saint-Germain d’Auxerre. De multiples espaces de l’abbatiale, du cloître et de la crypte ont dès lors été fouillés entre 1986 et 1998.
Chronologie des fouilles
Le projet d'installation d'un ascenseur dans la chaufferie de l'abbaye à la jonction entre le cloître et l'abbatiale est l'occasion de vérifier en 1986 la présence de structures et de niveaux archéologiquement en place alors que s'élabore le programme de recherche. L'étude archéologique commence en avril 1987 par un sondage préliminaire au sud-est de la cour d'accès au musée afin d'évaluer l'importance des vestiges conservés de l'avant-nef. 1989-1991 marquent le véritable démarrage des fouilles avec trois campagnes de quatre et cinq mois de recherches dans l'avant-nef. La présence d'une conciergerie moderne au sud de la cour entravait la compréhension de l'intégralité de cet espace ecclésial. Sa démolition obtenue en juin 1995 relance l'examen archéologique de ce secteur jusqu'en 1997. Entre-temps des campagnes de fouilles sont menées sur d'autres parties du site abbatial en fonction des opportunités : sondages au sud de l'abbatiale à la demande de l'architecte des Monuments historiques (1992), fouille du cloître où des réseaux d'assainissement devaient être posés et de la chapelle Saint-Pierre dans le transept nord de l'église (1993), fouilles de la Confession (1994). En 1998 enfin sont examinées les substructions de la rotonde des cryptes.
La crypte archéologique
Au fur et à mesure du dégagement des structures de l'avant-nef des questions se sont posées sur l'aménagement et la présentation du site au public. La profondeur atteinte pour dégager les vestiges (- 2,50 m) correspondant au niveau du sol de l'église actuelle permit d'envisager la réalisation d'une crypte archéologique. Accessible par la nef gothique, elle restitue ainsi l'espace initial de l'église en réunissant la tour Saint-Jean à l'abbatiale. L'ouvrage réalisé s'inspire du plan de l'avant-nef romane en reproduisant la disposition des piliers découverts en fouilles pour supporter la dalle de couverture. À l'extérieur, cette dalle reprend symboliquement au sol l'emplacement de ces mêmes piliers mis au jour par l'archéologie et marque ainsi l'espace ecclésial. Le choix d'un éclairage artificiel pour la crypte archéologique permit d'accentuer les contrastes avec la nef pourvue d'un éclairage semi-naturel.
