Les données réunies par les archéologues ne proviennent pas uniquement de la fouille, mais aussi des multiples études faites sur le bâti, tant du gros œuvre que des enduits et des peintures présentes sur les élévations de l’abbaye.

Les techniques de construction

La pierre est, avec le bois et les liants nécessaires à la stabilité des maçonneries, le principal élément de construction. Extraite ici de carrières locales, la pierre utilisée varie en fonction de l'appareil auquel elle est destinée et de l'évolution des outils de taille. À Saint-Germain, les bâtisseurs carolingiens utilisent principalement la craie dure du Crétacé. Leurs successeurs romans l'emploient en parallèle avec des calcaires durs du Jurassique qui deviennent prédominants à l'époque gothique. La taille de la pierre détermine sa fonction et sa place dans l'édifice. Les moyens et grands appareils sont surtout utilisés jusqu'au XIe siècle pour les chaînages ou les piliers. Les reste des maçonneries sont alors élevées en petit appareil ou en moellons cassés au marteau et souvent seulement dégrossis. L'usage plus systématique et ordonné du moyen appareil de belles pierres de taille lissées se répand en Bourgogne et au nord de la Loire au cours du XIe siècle avec parfois un souci décoratif. Ces nouvelles techniques correspondent à un changement d'outils de taille. Jusque-là, les surfaces étaient taillées à la polka qui laissait des traces de larges éclats de pierre. Au XIe siècle les tailleurs lui préfèrent le marteau taillant, une petite hache à double tranchant frappée parallèlement au parement et dont les traces sont plus fines et parallèles. Ces adaptations techniques correspondent aussi au développement plus important des voûtements de pierre.

Les enduits et les mortiers

L'analyse des mortiers ou des enduits déposés sur les parements des maçonneries participe à la connaissance des modes de construction et de leur chronologie. Des échantillons bien identifiés sont prélevés pour être analysés en laboratoire afin d'en déterminer les composants en chronologie relative et de faciliter ainsi les comparaisons des structures conservées en élévation ou en fouille. Une première analyse macroscopique réalisée à l'œil nu et à la loupe permet de dresser une fiche descriptive précise et d'élaborer une typologie. Des analyses plus fines réalisées aux rayons X ou au microscope électronique à balayage sont ensuite effectuées. Elles précisent la composition chimique des éléments recueillis. La présence de charbon de bois permet parfois de réaliser des datations au carbone 14.