L’époque gothique est marquée par des projets ambitieux dont la reconstruction de l’église abbatiale. Commencée à la fin du XIIIe siècle, l’entreprise est encore inachevée au XVe siècle. Les trois premières travées de l’ancienne nef et l’avant-nef restent d’ailleurs dans leur état roman.
Une rénovation nécessaire
En 1215, l’évêque d’Auxerre Guillaume de Seignelay avait fait raser la cathédrale romane Saint-Étienne à l’exception de la crypte pour y bâtir comme c’était alors le cas dans nombre de villes du royaume, un édifice plus vaste et plus haut, grâce aux nouvelles techniques de l’art gothique. Avec quelques retards sur leurs confrères canoniaux, les moines de Saint-Germain décident eux aussi de jeter les fondations d’une nouvelle abbatiale (fin XIIIe-XIVe siècles). L’ancienne menace en effet de s’effondrer, au moins dans sa partie orientale à cause de son âge, mais aussi parce qu’elle a été la proie de plusieurs incendies, si bien qu’il est à l’époque devenu impossible d’y célébrer l’office.
Le chœur, point de départ des constructions
La reconstruction gothique débute en 1277 par la destruction du maître-autel, où l’on trouve la pierre-reliquaire. L’architecture médiévale est à ce moment marqué par le gothique dit rayonnant, caractérisé par une hauteur toujours plus élevée et de vastes fenêtres qui permettent à la lumière de pénétrer abondamment l’édifice. Le plan du chœur, à l’exception de quelques modifications, se fonde sur celui des cryptes carolingiennes qui sont préservées. Celui-ci comprend un sanctuaire avec un déambulatoire et une chapelle dans son axe.
La polychromie du chœur gothique
La crypte n’est pas le seul espace à comprendre des zones peintes, une large partie des clefs de voute, des chapiteaux et des colonnes du chœur de l’église sont aussi recouverts d’enduits. Avant d’entamer une restauration de l’édifice, les archéologues étudier l’étendue de la polychromie du chœur gothique. Ils constatent alors que les voutes de l’abside centrale sont recouvertes d’un enduit de couleur blanche, tandis que celles de la travée centrale sont de couleur jaune. Le reste des surfaces du chœur est quant à lui badigeonné d’une couleur beige pâle.
Le transept et ses chapelles
Les transepts, qui correspondent aux bras d’une église, sont aménagés en plusieurs étapes durant la période gothique. Deux chapelles latérales sont accolées au transept, Saint-Pierre au nord et Saint-Nicolas au sud.
