Après avoir été témoin d’un miracle auprès du tombeau de Germain, Conrad estime que ce dernier mérite une demeure plus imposante. Pour cette raison, il entreprend d’ambitieux travaux dans l’abbaye, en particulier dans sa crypte qu’il agrandit et orne de magnifiques peintures.
La reconstruction de l’abbatiale
Le projet de reconstruction de Conrad ne concerne pas seulement les cryptes orientales, mais l’ensemble du sanctuaire abbatial de Germain. L’archéologie a pu mettre au jour les traces d’un espace occidental plus vaste que le sanctuaire précédent. Il s’agit d’un édifice plafonné et non voûté dont on ignore s’il s’organisait sur un ou plusieurs niveaux. Cet espace monastique a notamment une fonction funéraire. Les inhumations semblent en effet y être davantage regroupées que dans les phases précédentes. Les archéologues constatent alors une volonté d’optimiser l’espace en plaçant parfois les sarcophages tête-bêche. L’amplification de cette partie occidentale de l’abbatiale correspond à l’agrandissement des cryptes orientales. L’objectif est sans doute d’assurer l’accueil des nombreux pèlerins qui affluent pour se recueillir sur le tombeau de Germain, et permettre un développement liturgique adapté.
Les vitraux et les céramiques
Aujourd'hui, l’abbaye Saint-Germain est presque entièrement dépouillée de sa vitrerie ancienne. Cependant, les fouilles archéologiques permettent de mettre au jour de nombreux vestiges qui donnent une idée des types de vitraux créés et des différentes campagnes de réalisation. Malheureusement aucun fragment n’est antérieur au XIIIe siècle, et concerne donc la période carolingienne. Ce n’est pas le cas des céramiques, qui sont parfois pour les périodes les plus anciennes les seules traces archéologiques mises au jour. Ces fragments permettent par exemple de supposer des périodes d’occupation du site antérieures au Ve siècle. Pour la période carolingienne, une importante fosse-dépotoir contenant de nombreuses céramiques est découverte dans la partie ouest du cloître. Celle-ci se situe au-dessus d’un sarcophage composé au VIIe siècle et avant une sépulture du XIe-XIIe siècle. De ce fait, les archéologues parviennent à estimer la chronologie approximative de formation de ce dépôt (IXe-XIe siècles). Les poteries présentes appartiennent toutes à un même type de production d’aspect orange ou beige. Il s’agit en grande majorité de bols avec un usage alimentaire. Un gobelet en verre est aussi découvert dans cette fosse. Ce dernier est aussi probablement destiné à l’alimentation étant donné la qualité de l’objet. Les archéologues estiment alors que ces différents objets proviennent d’un réfectoire, sans doute celui des moines.
