Les sources narratives regroupent de nombreux types de documents distincts, leur seul point commun étant que l’auteur cherche à produire un récit. Aucune règle spécifique ne caractérise dès lors sa rédaction.
Les hagiographies
Bien que ces sources soient de première importance pour aborder le haut Moyen Âge abbatial, il faut s’en méfier puisque leurs auteurs ont tendance à déformer la réalité, attribuant à leur saint des actes imaginaires ou inspirés d’autres textes. Germain, évêque d’Auxerre, bénéficie d’une Vie de saint, écrite vers 470 par Constance de Lyon. Une autre hagiographie de Germain et la réalisation de ses miracles sont rédigées à l'époque carolingienne par le moine auxerrois Heiric. Hormis ce traitement de faveur accordé à leur saint patron, les moines de Saint-Germain ont, semble-t-il négligé d’honorer les quelques abbés dont la sainteté était pourtant réputée aux premiers siècles de leur abbaye. Il faut ajouter à ces hagiographies directes les Gesta qui font écho à leur manière à la sainteté de certains moines de l’abbaye.
Les Gesta
Les Gesta sont un genre littéraire particulier qui se développe à partir du VIe siècle. Ce terme rassemble les documents rapportant les hauts-faits des évêques d’une cité ou ceux des abbés. À Auxerre, deux récits de ce type permettent d’éclairer l’histoire de l’abbaye. Tout d’abord, Les gestes des évêques d’Auxerre qui narrent l’histoire des pontifes auxerrois et sont rédigés dans le dernier quart du IXe siècle, puis prolongés par des continuateurs jusqu’au XVIIe siècle. Le récit s’ouvre sur la notice de saint Pèlerin, premier évêque d’Auxerre et fondateur présumé de l’évêché au IIIe siècle et s’achève avec l’épiscopat de Nicolas Colbert, mort en 1676. Un autre texte est quant à lui dédié aux abbés de Saint-Germain. Rédigé entre 1290 et 1334, le récit débute au Xe siècle avec l’abbé Heldric, son auteur, Gui de Munois, justifie cette position par la carence de sources sur les abbatiats antérieurs. Pour les périodes anciennes, la plupart des documents sont conservés non pas en original mais par des copies ce qui pose un certain nombre de problèmes d’analyse puisque les différents copistes ont pu commettre des erreurs ou décider de modifier certains passages. L’un des atouts majeurs des Gestes des abbés de Saint-Germain, conservé à la Bibliothèque nationale de France (lat. 10940), est qu’il s’agit sans doute du manuscrit original ou, à tout le moins, contemporain de la rédaction de l’œuvre.
Les Chroniques et les Histoires
Dans la première moitié du XIe siècle la chronique de Raoul Glaber témoigne à plusieurs reprises de la vie du monastère. Cette chronique entreprise vers 1016 et achevée en 1047 par Raoul, simple moine, rapporte un récit sur son temps au travers de ses différentes expériences monastiques entre Saint-Germain d’Auxerre et plusieurs de ses dépendances mais aussi Saint-Bénigne de Dijon, Cluny.