À l'instar de la crypte, les clefs de voûte et les chapiteaux du chœur étaient ornés de multiples couleurs. Aujourd'hui invisibles à l'œil nu, les quelques pigments présents sur la clef de voûte centrale permettent aux archéologues de proposer une reconstitution des couleurs utilisées. Il semblerait que les feuilles d'or peintes en rouge vermillon étaient aussi recouvertes de feuilles d'or.