Le site de la Natière est localisé à moins d’un mille marin des remparts de Saint-Malo, sur le flanc est du grand chenal d'accès au port, à proximité de la balise latérale bâbord dite de la Basse du Buron. En fonction des coefficients et de l'heure de la marée, la profondeur du site oscille entre 9 et 18 mètres. L'eau est généralement claire et la visibilité atteint souvent deux à trois mètres. Les épaves reposent dans une plaine de sable coquillier bordée au nord et au sud par les deux têtes rocheuses qui forment le banc de la Natière et dont seul le sommet du pic nord émerge ponctuellement aux plus basses mers.
La difficulté essentielle du site réside dans l’existence de courants très violents qui balayent la zone. Les marnages extrêmes, près de 13 mètres à vive eau, que connaît la baie de Saint-Malo, génèrent en effet, au flot et au jusant, de violents courants qui ne s’interrompent qu’aux étales de basse et de pleine mers. Encore ces périodes de répit sont-elles soumises, particulièrement à basse mer, à l’action de l’usine marémotrice implantée au débouché de la rivière Rance, dans l’axe du grand chenal de Saint-Malo. Ainsi, les périodes d’étale de courant oscillent-elles entre 15 minutes, lors des basses mers, et 75 minutes, lors des pleines mers.
Le calendrier des plongées est bien évidemment facteur de ces périodes d’étale qui conditionnent autant la mise à l’eau de l’outillage de fouille que la remontée des objets archéologiques.
