Élaborée dès 1996, à partir d’un premier corpus réduit de données compilées par Gérard Bousquet et Emmanuel Feige, la recherche en archives s’est très largement déployée tout au long du projet puis elle a progressivement conduit à resserrer la maille du tamis et à rechercher la trace des seuls naufrages correspondant aux deux portraits-robots définis au cours de l’enquête archéologique. On pouvait initialement imaginer que les pertes successives de deux frégates, à moins d’une demie lieue marine des remparts de Saint-Malo, n’étaient pas en leur temps passées inaperçues et qu’elles avaient dû donner lieu à de multiples comptes-rendus. Si le raisonnement était juste, il aura cependant fallu nombre d’années pour que les recherches aboutissent.
Les navires recherchés en archives se devaient de satisfaire à un certain nombre de critères, au rang desquels le tonnage et l’artillerie. Ils devaient en outre avoir fait naufrage à une date comprise entre 1702 et 1705 pour le premier, et 1748 et le tout début des années 1750 pour le second.
Consulté, arpenté et prospecté avec passion, le centre des archives départementales d’Ille-et-Vilaine, où sont consignés les registres du port de l’amirauté de Saint-Malo, notamment les minutes du greffe et les rapports des capitaines corsaires, a fini par livrer le nom supposé des deux frégates coulées sur les roches de la Natière. Bien d’autres informations précieuses ont par ailleurs été collationnées au cours de ces recherches, notamment dans les fonds documentaires des Services historiques de la marine de Brest et de Cherbourg, des Archives municipales du Havre et des Archives nationales. La recherche n’est au demeurant pas close.