Le bénévolat trouve vite ses limites quand les impératifs d’un chantier en mer imposent à chacun d’accepter d’encourir un minimum de risques, fussent des risques calculés, et de consacrer au chantier des horaires de travail rythmés par les seules marées et, partant, rarement inférieurs à 12 ou 14 heures d’activité par jour. Le premier obstacle qu’il convenait donc de franchir pour mettre en place une équipe de fouille à forte ossature professionnelle était d’en réunir le budget. Dès la campagne de fouille 2000, le projet Natière a bénéficié de solides appuis logistiques et financiers qui ne se sont ensuite jamais démentis. 

Le ferme soutien financier du Conseil Régional de Bretagne, du Ministère de la Culture, du Conseil Général d'Ille-et-Vilaine et de la Mairie de Saint-Malo d'une part, la contribution logistique sans faille du Ministère de l'Intérieur et de la Direction Départementale de l'Équipement d'Ille-et-Vilaine d'autre part, ont été de puissants stimulants autant qu'un appui précieux tout au long du projet de fouille.