Les conditions environnementales du site, et tout particulièrement les très courts étales de courant sur la zone, ont incité à adopter une stratégie de fouille déployant une large équipe de plongeurs aptes à assurer simultanément un grand nombre de tâches archéologiques. Dès 2000, le choix s’est porté sur l’utilisation d’une très puissante motopompe en surface alimentant une unique colonne d'eau de gros diamètre, reliée sur le fond à un satellite à six sorties. Ce distributeur permet le raccordement simultané de six manches à eau alimentant autant de suceuses. Il évite en outre, lors de chaque renverse de courant, de voir les manches à eau s’emmêler.

Plusieurs facteurs pénalisent l’enregistrement des vestiges et des structures architecturales : la topographie chaotique des épaves, les algues sans cesse rapportées par les courants, le temps limité de plongée et la visibilité réduite, sinon médiocre, à marée basse. Pour autant, cette tâche est la seule qui soit à même de révéler et de conserver les techniques et méthodes de construction navale et de restituer les formes de carène. Menée à l’échelle 1/20 sur l’ensemble du site, la planimétrie a été complétée par des coupes transversales et longitudinales. Une charte normalisée du dessin a été imposée à tous les fouilleurs, aussi bien pour les relevés partiels que pour les relevés à l’échelle. 

Au fur et à mesure de la progression de la fouille, une importante documentation photographique et vidéo est collationnée afin de conserver la mémoire des épaves.

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