Initié en 2001 grâce au concours des services de la Subdivision Maritime de l'Arrondissement DDE de Saint-Malo et de la société Infomar de Saint-Vaast-la-Hougue, le levé cartographique de la zone des deux épaves a été poursuivi en 2002 et en 2003. Grâce au sondeur embarqué sur le navire des Phares et Balises La Traversaine et à son dispositif de compensation automatique qui permet de corriger en temps réel la variation des hauteurs d'eau, l'équipe de la Subdivision Maritime a pu réaliser un relevé particulièrement précis de l'ensemble de l'aire archéologique. Pour ce faire, il a été décidé de privilégier un maillage fin au prix d'un tracé tous les mètres, soit au total 92 tracés, et une prise de points tous les trentièmes de secondes. Le document ainsi obtenu a permis de restituer toutes les courbes de niveau du site sous-marin.
L'implication et la disponibilité des personnels de la Subdivision Maritime de l'Arrondissement DDE de Saint-Malo ont permis, en outre d’imaginer de nouvelles procédures d'intervention afin de positionner, sur la cartographie de la baie de Saint-Malo, le site des épaves. Grâce à un ingénieux système de cibles lestées, précisément positionnées au GPS différentiel lors de leur largage depuis la surface, puis triangulées au fond par rapport aux points fixes du site sous-marin, le carroyage du site a pu, pour la première fois, être inséré dans la cartographie générale de la baie et par rapport aux roches environnantes. La marge d'erreur de cette méthode, très réduite par rapport à la technique habituelle par flotteurs lestés asservis aux points que l'on souhaite coordonner, puis relevés en surface lors d'un étale de basse mer, est de l'ordre du mètre, soit la marge d'erreur traditionnellement reconnue au positionneur GPS D.
