À la fin de chaque campagne de fouille, les objets inventoriés et les éléments structurels prélevés étaient triés en fonction de leur priorité de conservation, selon des critères scientifiques mais aussi muséographiques et financiers. Les objets humides exclus du traitement étaient conservés dans des bacs d’eau douce jusqu’à la campagne suivante, afin de se ménager le recul nécessaire à la réflexion. Ils ont ensuite été pour l’essentiel remis à l’eau l’année suivante pour être conservés in situ.
Préalablement à cette réimmersion, la procédure suivie était la suivante : Les objets ont fait l’objet d’un double étiquetage, destiné à leur identification en cas d’exhumation ultérieure, puis ils ont été conditionnés et enveloppés de géotextile. Ils ont ensuite été déposés sur le site sous-marin, dans des tranchées ménagées à proximité immédiate des épaves.
