La protection du site contre les effets conjointement destructeurs des courants violents, de la houle de fond, des algues et des tarets, ainsi que des dragues à coquilles et parfois des plongeurs indélicats imposait à la fin de chaque campagne qu’une solution dynamique soit trouvée afin de couvrir uniformément le site d’une protection sédimentaire.
Depuis 2001, la protection des zones fouillées a fait appel à un revêtement de géotextile directement posé au contact des structures architecturales. Celui-ci est recouvert de pierres puis il fait l’objet d’un classique réensablage à l'aide de suceuses et en utilisant le sédiment dégagé lors de la fouille. De même que la présence du géotextile offre l'avantage d'économiser de nombreuses heures de réensablage, elle permet symétriquement de raccourcir la durée du désensablage.
En outre, les campagnes de fouille 1999, 2000 et 2008 se sont conclues par un réensablage massif des épaves opéré grâce au concours du sablier Côtes-d'Armor, de la Compagnie Armoricaine de Navigation. L’apport de plus de 200 m3 de sable sur le site a été à cette occasion nécessaire pour garantir la protection du site et éviter que les courants violents qui balayent la zone n'arasent trop rapidement cet apport artificiel de sable.
