À terre, l’organisation de la base de fouille a considérablement évolué au cours des premières campagnes, depuis les installations légères d’étude et de conservation du mobilier archéologique mises en place en 1999 jusqu’à la mise en place en 2003, d'un véritable camp de base regroupant dans une grande tente inventaire de 45 m² les différentes fonctions et études liées au stockage, à la conservation, à l’inventaire et aux analyses. Ce regroupement permet de déplacer et de manipuler a minima les objets et de favoriser l’échange des données scientifiques, contextuelles et techniques relatives à ces derniers. Les activités de photographie et de levé des plans ont également été rassemblées au sein d’un bâtiment préfabriqué, de type algeco, de 24 m² cependant que chaque archéologue bénéficiait d’un bureau dans un grand local collectif. Ce triple regroupement s’est révélé totalement bénéfique, tant pour la transmission de l’information entre les membres de l’équipe de fouille que pour la convivialité et l’efficacité du travail. 

Parallèlement à ses activités de fouille, chaque archéologue permanent de l’équipe a spontanément pris en charge une responsabilité ou un champ d’étude spécifique : inventaire, gestion des relevés sous-marins, vectorisation des plans, couverture vidéo, moulages des concrétions ferreuses, échantillonnage des essences, enregistrement des plongées, gestion des notes de fouille… C’est incontestablement cette polyvalence et cette implication hors du commun qui, au delà des compétences scientifiques intrinsèques de chaque membre de l’équipe et de l’importance archéologique du site, ont donné leur dimension exceptionnelle aux fouilles de la Natière.