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Archéologue du Paléolithique. Membre associé aux UMR du CNRS PACEA et EDYTEM. Conservateur général du patrimoine honoraire.
Conservateur puis directeur des recherches de la grotte de Lascaux, il s’est depuis plus de deux décennies attaché à l’étude archéologique des grottes ornées. Il a dirigé le programme d’étude pluridisciplinaire de la grotte Chauvet-Pont d’Arc jusqu'en 2018.
Il a coordonné des programmes de recherches archéologiques en France, en Ukraine, en Afrique du sud, en Papouasie Nouvelle-Guinée et actuellement en Terre d’Arnhem. Il a dirigé l’édition d’ouvrages sur le Paléolithique et l’art rupestre et publié un grand nombre d'articles. Il s’attache en outre à la médiation de la préhistoire par le biais de l’audiovisuel et des nouvelles technologies.
Jean-Michel Geneste s'est, dans la grotte Chauvet, penché sur l’étude des vestiges archéologiques tels que les industries lithique et osseuse et leur répartition dans le site dont il a coordonné avec les chercheurs impliqués les analyses tracéologiques et lithologiques aboutissant à la détermination de territoires d'approvisionnement parcourus par les groupes ayant occupé la grotte. Les structures au sol, les foyers et les aménagements matériels de l'espace aux abords des zones ornées ont par ailleurs retenu son intérêt. Le centre de ses préoccupations concerne l'intégration des données chronologiques et des datations dans le raisonnement archéologique.