Desde el año 1998 un equipo multidisciplinar efectúa investigaciones en la cueva Chauvet-Pont d’Arc. En 1996, el Ministerio de la Cultura y de la Comunicación francés anunció una licitación internacional para seleccionar al equipo científico que estudiaría la cueva Chauvet-Pont d’Arc, según el protocolo que se reserva habitualmente a los yacimientos arqueológicos de carácter histórico. Se trata de la primera aplicación a un yacimiento de arte rupestre paleolítico. La junta consultiva de nueve miembros estaba compuesta por arqueólogos del Consejo Nacional de Investigaciones Arqueológicas y por dos catedráticos extranjeros: uno alemán y otro español.
El equipo científico al que se le asignó en 1996 fue el que dirigía Jean Clottes, quien la administró hasta 2002, fecha en la cual Jean-Michel Geneste lo sustituyó. Los trabajos de investigación de dicho equipo se iniciaron en 1998 y continúan en la actualidad.
Desde sus inicios, la investigación ha dado prioridad a la conservación preventiva de este yacimiento excepcional pero extremadamente frágil.
La extraordinaria conservación de los suelos, las huellas y los vestigios humanos y animales incitan al equipo a preservar dicho estado para transmitir la cueva intacta a nuestros descendientes. Los nuevos modos de investigación no invasivos permitirán en el futuro la prolongación de los trabajos actuales. La investigación se efectúa en dos campañas anuales, de dos a tres semanas de duración cada una, la primera en primavera y la segunda en otoño. Dichas fechas se seleccionan a partir de los trabajos llevados a cabo por el Laboratorio subterráneo del CNRS de Moulis sobre el funcionamiento climático de la cueva y en períodos en los que la cueva soporta mejor la presencia humana. El trabajo está supeditado a las posibilidades de acceso a las paredes, vestigios o huellas en suelos, sin correr el mínimo riesgo de deteriorar los suelos vírgenes. Los trabajos científicos se realizan a partir de pasarelas que discurren fundamentalmente por el primitivo recorrido de los descubridores. Cuando hay lugares que necesitan una investigación más cercana, se instalan pasarelas transitorias después de estudiar su impacto potencial sobre la cueva. La conservación es el eje prioritario del equipo y ha sido siempre un vector de desarrollo en los nuevos métodos de toma de datos y de enfoques de esta cueva decorada.