Les recherches actuelles, conduites depuis 2005 sous la direction de Pascal Butterlin, comprennent plusieurs volets distincts :
- la poursuite du programme de publication des documents écrits, issus des fouilles effectuées depuis 1994, sous la direction du Pr Antoine Cavigneaux (Université de Genève) ;
- 2005-2010 : les recherches archéologiques sur le terrain, sous la direction du Pr Pascal Butterlin (Université de Paris I Panthéon-Sorbonne) ; sur le site, conservation préventive, restaurations et aménagement touristique, sous la direction de Jean-Claude Margueron et Mahmoud Bendakir. Il est à noter que la dernière campagne de fouille sur le terrain a eu lieu en 2010 ;
- 2012-2016 : divers projets ont été mis en œuvre dans le cadre de la protection et la mise en valeur du patrimoine syrien.
Projet de recherche en cours
- Un projet de reconstitution numérique du palais de Mari piloté par Jean-Claude Margueron et Béatrice Müller en partenariat avec la société Archéovision de Bordeaux.
- Le projet « Digimari », piloté par Pascal Butterlin de traitement, et de valorisation des archives de la mission archéologique de Mari
- Le projet « Monuments d’Orient », piloté par Régis Vallet, qui vise à modéliser certains monuments emblématiques du Proche-Orient, notamment le massif rouge et le grand palais royal de Mari.
