Les circonstances de la destruction de la Ville II restent obscures : elle fut détruite en 2300 par un roi d’Akkad, probablement Sargon. On a aussi suggéré que Naram Sin fût responsable de la destruction. Il installa en tout cas à Mari ses filles comme prêtresses et un gouverneur ou shakkanak, nom qui finit par désigner la dynastie qui assura la construction de la Ville III.
Permanence de l'infrastructure urbaine
Le niveau général, l’aménagement hydrologique et le réseau viaire sont restés sensiblement les mêmes ainsi que l’infrastructure compartimentée. L’enceinte urbaine a été renforcée et un véritable mur de défense, transformé par la suite en rempart avec un talus intérieur, a surmonté la digue des origines.
Transformation des grands monuments
Au cœur de la cité, alors que certains temples disparaissaient, comme celui de « Ninizaza », d’autres étaient reconstruits selon des modalités nouvelles. Ainsi, une petite terrasse est venue compléter le temple de Shamash, tandis qu’une haute terrasse était associée à une temple nouveau de type in antis, voué au « Seigneur du Pays » et destiné à remplacer le grand temple manufacture de la Ville II.
A l’emplacement de celui-ci a été édifié le Grand Palais royal (2,5 ha), qui possède tous les traits régaliens caractéristiques de la IIIe Dynastie d’Ur et des Dynasties amorrites : salle du trône s’appuyant sur la morphologie des grands sanctuaires mésopotamiens, appartements du roi, résidence des femmes. Mais un secteur de temples hérite de la sacralité du grand sanctuaire de la Ville II.
Nouveautés architecturales
Un second palais, plus petit, marque de son empreinte la Ville III. Il appartient toujours au roi, mais il a pour fonction d’abriter les tombes royales qui ne peuvent prendre place, comme le voulait la coutume, sous la salle du trône à cause de la sacralité qui imprègne le grand palais : il était en effet impossible de faire voisiner la mort avec le divin.
D’autres grandes résidences trouvent place nouvelle dans la cité. Cependant, l’habitat plus ordinaire n’a pas été retrouvé en raison de la vive érosion qui s’est exercée sur le tell autour de la ruine palatiale, après l'incendie provoqué par Hammurabi en 1760.
