L’analyse du plan au sol met en lumière que, derrière l’aspect labyrinthique apparent, il y a une grande rationalité de l’organisation.
Le secteur religieux
Le palais a reçu en héritage un imposant temple de la Ville II, celui de la divinité principale de la cité au nom inconnu (secteur D) ; une grande partie de l’unité sud-est du palais est occupée par ce secteur religieux où les architectes avaient à respecter le tracé ancien. On pouvait y accéder à partir de la cour 131 et par une porte dérobée sur la façade orientale qui débouchait sur le secteur religieux de la ville.
Autour de la cour 131
On atteignait cette cour 131 à partir d’une porte monumentale ouvrant vers le nord (secteur A), où les entrées et les sorties étaient contrôlées à partir du logement de l’intendant (secteur C). Par le sud de la cour 131, on pouvait rejoindre le quartier des magasins et des réserves, en partie conservé seulement (secteur R). Au nord-ouest de cette même cour on pouvait rejoindre toute la moitié occidentale du palais.
Le secteur officiel
L’important secteur officiel (secteur M) était constitué de la cour 106 avec son impressionnant décor pictural le long de la paroi méridionale, le papahum 64 qui abritait, dans l’axe de la porte, la statue de la déesse aux eaux jaillissantes et donnait accès à la vaste salle du trône (25 × 12 mètres et 14 mètres de haut) où la royauté pouvait s’imposer dans toute sa majesté. La salle du trône était en relation directe avec les appartements du roi installés sur son flanc oriental, au-dessus d’un secteur de magasins (secteur F).
Autour du secteur officiel
Au sud de la salle du trône s’étendaient les logements des esclaves (secteur G) et l’aile ouest était occupée par le secteur des cuisines (O) et de l’administration (P et L), qui jouxtait les appartements des femmes occupant tout l’angle nord-ouest du palais (secteurs I, K et H).
