Les aménagements du baptistère
Peu de temps après sa construction et sa mise en service, le baptistère a fait l'objet d'une grande opération de transformation unitaire avec la construction d'une chapelle de plan basilical, au sud, d'un portique au nord et à l'ouest (englobant la façade de la chapelle) et d'un mur à l'est. On peut mettre ces aménagements en rapport avec ceux qu'a connus le martyrion cruciforme : portiques au nord, porche sud, auvents au sud-ouest et au sud-est.
La chapelle est, comme celle du couvent et plus généralement des églises du Massif Calcaire, de plan basilical avec la nef centrale et les bas-côtés séparés par deux colonnades de quatre colonnes.
L'abside est semi-circulaire outrepassée et le chevet plat. Les tours sur les annexes étaient coiffées de toitures pyramidales. À la différence de la chapelle des moines il n'y avait pas de tribunes mais une simple claire-voie comme dans les églises ordinaires. Les restes de la façade ouest, graphiquement complète, montre que les demi-pignons des bas-côtés n’avaient pas de fenêtre et étaient coiffés d’un mur-bahut. La porte centrale était surmontée de deux grandes fenêtres cintrées. La claire-voie était basse. Enfin le bloc de corniche sommitale d’angle est entaillé en biais à l’arrière pour permettre l’encastrement d’un demi-entrait d’arêtier, c’est à dire que la toiture se terminait à l’ouest, non pas par un fronton mais par une croupe.
L'église Sainte-Marie de Sheikh Sleiman du début du VIe siècle fournit un bon parallèle pour le chevet. La base de la clôture du sanctuaire est bien conservée au nord. Les encoches et rainures permettent de restituer deux plaques aux angles et un accès médian. La façade sud du baptistère, devenue paroi intérieure nord de la chapelle, a été adaptée : le décor mouluré a été bûché, remplacé par un placage de marbre en partie basse attesté par les trous de scellement ; comme dans la basilique est du martyrion et correspondant au même courant décoratif en vogue au début du VIe siècle une porte a été percée sous la fenêtre centrale pour fluidifier la circulation avec le baptistère.
Le nouveau circuit des catéchumènes
Ces transformations du début du VIe siècle se sont accompagnées d'une modification du parcours des catéchumènes dans l'ensemble baptismal. Ces derniers, filtrés au moment de traverser le bâtiment au passage double n'entraient plus par la façade ouest, en grande partie masquée par le portique et surtout privée de son emmarchement monumental, mais se rendaient à la porte nord pour entrer dans la galerie nord. Cette pièce, désignée maintenant pour remplir la fonction qu'assurait la galerie sud initialement, ne pouvait plus être ouverte sur la cuve baptismale et a dû être dotée d'un dispositif de cloisonnement.
Il a été réalisé en bois, non pas en symétrie de celui du sud mais dans l'arcade orientale de la galerie où l'on peut voir des trous d'encastrement de petite taille, dans la base et dans les claveaux.
L'espace où les néophytes se dévêtissaient était plus spacieux dans cette configuration. Une fois baptisés et habillés de l'aube blanche ils allaient dans la galerie sud avant de se rendre dans l'église pour la confirmation en passant par la porte percée sous la fenêtre centrale. On sortait de l'église par la porte occidentale d'où on pouvait, par la longue galerie occidentale du portique rejoindre le flot des pèlerins.
