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La situation politique dans la région
Antioche et sa région passèrent entre les mains de différents potentats, l’émir d’Égypte, puis le calife abbasside, puis l’émir hamdanide d’Alep, Saif ad-Dawla, de 944-967, malgré la révolte de notables musulmans (965-966). Le patriarche Christophoros (960-967), celui-là même qui fit édifier un kastron dans la basilique occidentale du martyrion de Qal‘at Sem‘an, avait établi des relations confiantes avec cet émir. Les notables musulmans d’Antioche, furieux de cette connivence, l’assassinèrent en 967. À cette date, le patriarcat d’Antioche avait été appauvri par trois siècles de taxation islamique. La population chrétienne utilisait désormais comme langue courante l’arabe et dès le début du IXe siècle, le patriarche melkite rédigeait ses homélies en arabe.
Modification du site au Xe siècle
Le site connut des transformations plus importantes encore après la prise d’Antioche par les troupes byzantines (969). Une inscription bilingue (grecque et syriaque) insérée dans la mosaïque du sol de la basilique est qui a été dégagée en 1938 par la mission allemande, commémore la restauration et la fortification du couvent. Les travaux ont porté sur l’église, réduite à la basilique orientale de l’ancien martyrion cruciforme, le monastère, le mur d’enceinte du sanctuaire, qui a été épaissi et contre lequel ont été plaquées des tours pleines, et le propylée qui a été également flanqué de deux tours pleines. Ces transformations et ajouts furent faits au prix du démontage de certains bâtiments existants et altèrent grandement la configuration initiale.