Les tombeaux sont généralement creusés dans le rocher. Ils sont donc assez souvent associés aux carrières, notamment qui sont frontales.
Les tombeaux collectifs des moines
Le tombeau des moines se trouve au nord du martyrion, tout contre la paroi intérieure de la mandra. Il a la forme simple d’un bâtiment rectangulaire couvert d’une toiture à deux pans est presque sur toute sa hauteur réservé dans le rocher qui a été creusé pour la construction du martyrion. Ses parois sud et est présentent les traces de carrière et montrent qu’une épaisseur conséquente de pierre a été prélevée lors du nivellement du site. L’accès se faisait par une porte au milieu du mur ouest.
A l’intérieur les parois des grands côtés sont chacune percées de trois tombes de grande capacité coiffées d’arcosolia. Plus tard, une tombe supplémentaire, accessible par une trappe intérieure ménagée juste derrière la porte d’entrée a été creusée par dessous.
Tombes individuelles
On trouve dans les carrières situées au sud du sanctuaire quelques tombes isolées creusées dans le rocher ainsi qu’un tombeau collectif mi-creusé dans le rocher mi-construit et voûté. Il s’agit vraisemblablement de sépultures exécutées du temps du chantier pour les ouvriers bâtisseurs accidentés ou morts pendant le chantier.
Un tombeau a été traité de manière privilégiée et intégré au martyrion dès sa construction. Il se trouve au milieu du mur est de la basilique nord et est marqué par un arc en rompant la régularité des portes et fenêtres. Il abritait à l’origine un sarcophage unique, rectangulaire et coiffé d’un couvercle en bâtière à acrotères d’angle. Ce tombeau a dû recevoir la dépouille d’un personnage important comme le premier archimandrite du sanctuaire. Il a été ensuite agrandi de manière à recevoir deux autres sarcophages de part et d’autre du premier à destination, vraisemblablement des abbés successeurs.
