La notion de « site naturel » doit être comprise comme l’état du site avant son urbanisation, bien qu’il soit parfois difficile de distinguer le site naturel du site antique.
Cette notion paraît traduire une réalité figée et elle doit donc être relativisée : en effet, le site parisien a constamment évolué, ne serait-ce que par la dynamique de la Seine.
Par ailleurs, la perception de cet état « naturel » n’est pas aisée tant les aménagements qui se sont succédé jusqu’à nos jours ont amené des transformations. Ainsi, pour le relief, il faut tenir compte d’arasements, ou à l’inverse, d’exhaussements, si bien que la topographie actuelle donne une image déformée du relief ancien. De même, le lit de la Seine et de la Bièvre, ainsi que leurs berges, sont très différents de ceux que nous leur connaissons aujourd’hui.