Bien que le travail de Jacques de Morgan soit fortement marqué par l'étude des périodes préhistoriques, tout un pan plus méconnu de sa recherche s'est concentré sur des périodes plus récentes. Il a notamment pu observer et décrire de nombreux vestiges d'époque tardive lors de sa première mission en Perse. De même, son intérêt historique et scientifique pour ces périodes l'a mené à réaliser une étude de la numismatique orientale. Nous pouvons ainsi distinguer trois périodes marquantes pour ses études.
Les Séleucides 312-141 av. J.-C.
Alexandre le Grand conquiert le Moyen-Orient en 331 av. J.-C. À sa mort en 323 av. J.-C., ses diadoques en conflit se partagent son ancien empire. Séleucos Ier Nicator prend alors le contrôle de l'ancien territoire achéménide et fonde la dynastie séleucide.
Leur capitale se situe à Séleucie en Mésopotamie et, bien que l'empire soit immense, on assiste petit à petit à une hellénisation de l'Orient aussi bien dans les domaines culturels, monétaires et artistiques que linguistiques : le grec devient la langue administrative, le système monétaire évolue selon les méthodes numéraires hellénistiques, la sculpture s'inspire de modèles grecs...
Les Parthes 247 av. J.-C. - 224 de notre ère
En parallèle, au milieu du IIIe siècle av. J.-C., une population d'origine scythe, les Parthes, prend le pouvoir en Parthie alors sous domination Séleucide. En 141 av. J.-C., sous le règne de Mithridate Ier, ils renversent le gouverneur Séleucide en place et prennent le pouvoir en Perse puis en Mésopotamie. Ils établissent leur capitale à Nisa et fondent Ctésiphon, près de Séleucie, où l'on retrouve alors, sur le plan architectural, des nouveautés qui préfigurent l'époque islamique : des "proto" iwans. La culture et l'art sous leur domination sont influencés à la fois par la composante grecque, présente depuis la période Séleucide, mais également par l'ancien fond Perse Achéménide perceptible notamment dans l'art rupestre.
En 224, dans la plaine de Susiane, une bataille opposant Artaban I, dernier souverain Parthe, à Ardashir Ier, fondateur de la dynastie sassanide qui met fin au royaume Parthe.
Les Sassanides 224-651 de notre ère
Cette dynastie, fondée par Ardashir Ier et dont la capitale se trouve à Ctésiphon, émerge au coeur de l'ancien empire Perse, empire dont se réclament les souverains de cette dynastie. En effet, sous les Sassanides, l'Iran est à nouveau pleinement marqué par l'héritage Perse Achéménide. Ils vont, par exemple, redonner un statut de capitale régionale à Ecbatane, autrefois capitale Mèdes puis capitale d'été Perse, dont Morgan a pu faire des relevés lors de ses voyages.
Cela se fait au détriment du fond grec qui reste cependant visible dans quelques pans artistiques et culturels de la société. La production monétaire en fait partie : elle atteint sous cette dynastie une ampleur encore jamais vue en Iran, et constitue de fait un témoin privilégié pour retracer l'histoire de ces souverains.
En 651, le dernier souverain sassanide, Yazdgard III, est assassiné à Merv, l'empire est alors défait par les grandes invasions islamiques.
