Les trois années de Jacques de Morgan à l'école des Mines sont ponctuées par des voyages d'études à l'étranger, lui permettant de développer connaissances pratiques, autonomie et goût de l'exploration.
Suède
Pour son premier voyage d’étude, Jacques de Morgan souhaite partir en Suède. Cela lui est refusé par l’inspecteur de l’école des Mines, qui l’envoie en stage sur les mines de zinc à Liège. Cela n’arrête pas Morgan, qui après quelques jours passés en Belgique, part pour la Suède. Les données paléontologiques et géologiques qu’il recueille font l’objet d’un mémoire publié en 1882 : Sur les terrains Crétacés de la Scandinavie.
Ayant fait son voyage en toute clandestinité, il ne peut fournir les spécimens récoltés à l’école des Mines. Il les cède à l’Institut catholique, après en avoir vendu une partie pour amortir les frais causés par son périple.
Bohême
En 1881, Morgan part en Bohême avec l’aval de l'école. Il rédige un mémoire sur les mines d’argent de Przibram, un autre sur la mine d’or d’Eule. À Eule, on lui confère des responsabilités liées aux aspects techniques de l’exploitation. Il fait aussi connaissance avec Barrande, un éminent géologue et paléontologue. Il envoie à l’école des Mines des échantillons de roches et de minerais accompagnés d’informations de grande qualité concernant leur contexte et leur composition.
Par ailleurs toujours intéressé par le Crétacé, il étudie aussi des niveaux plus anciens. Il parcourt tout le territoire, ce qui lui permet de rédiger une Géologie de la Bohême.
