Un autre mode de construction, nécessitant plus de travail, mais cependant bien attesté sur le tell, a consisté à creuser de véritables tranchées de fondation.
L'ensemble le plus imposant, pour l'instant mis au jour, délimite un bâtiment rectangulaire de plus de 12,5 m de long, pour 6 m de large, avec une séparation au nord-ouest. La tranchée de fondation est de fortes dimensions (environ 1 m de large à l'ouverture), et présente localement des surcreusements interprétés comme la fondation de poteaux. Deux forts poteaux corniers sont attestés dans les angles sud-est et sud-ouest. Deux autres poteaux profondément ancrés dans des fosses creusées pour leur implantation et situés à l'intérieur du quadrilatère témoignent de la présence de puissants supports intermédiaires de la faîtière.
Ces tranchées de fondations attestent l'existence d'une grande construction, avec une structure porteuse en bois (et murs en terre) de grande résistance mécanique ayant probablement eu des fonctions différentes dans l'organisation, l'aménagement et l'utilisation de l'espace au centre du site. Malheureusement, on ne connaît rien de l'élévation de ce type de bâtiment.