Au début du Ve siècle, d’ultimes remblais vont faire disparaître les derniers traits de la topographie initiale du versant entaillé de vallons et permettre la création d’une vaste plate-forme nécessaire à un nouveau dessein architectural plus ambitieux. La composition à cours multiples du Haut-Empire est abandonnée pour laisser place à un ensemble organisé autour d’une unique cour à péristyle, dont le plus grand développement est d’une longueur minimum de 40m. La surface attribuée à cet espace ouvert est quatre fois plus grande que celle du jardin de la résidence antérieure. Les dimensions des portiques, des colonnades sont modifiées en conséquence, pour s’adapter à cette superficie accrue et à des corps de bâtiment aux façades plus imposantes. Ce sont là des signes évidents de la monumentalisation du centre domanial. Ce nouvel agencement, en rassemblant autour de la même cour activités et occupants, témoigne aussi d’une autre façon d’habiter dans la villa.
À l’angle ouest du péristyle, on trouve les appartements du maître, occupant l’emplacement des résidences des états antérieurs, sans que les concepteurs du projet aient pu s’affranchir des contraintes d’un cadre architectural hérité du passé. Le doublement de la surface des nouveaux appartements qui vont couvrir plus de 670m2 constitue une rupture. Les installations vinicoles et les constructions qui au IVe siècle vont remplacer les bains du Haut-Empire ont dû être conservées et intégrées dans la nouvelle composition.
