La dépose des pavements ouvrait la possibilité d’intégrer le secteur résidentiel, jusque-là inaccessible, à l’approche stratigraphique appliquée à d’autres composantes de la villa. La présentation in situ des mosaïques restaurées pouvait être discutée selon la conservation des états antérieurs au Ve siècle. La fouille d’une durée de six mois en 1988 avec une équipe professionnalisée a permis d’écrire une histoire de la villa sur la longue durée, de la ferme gallo-romaine précoce jusqu’à l’abandon de la résidence à l’orée du Moyen Âge.
À partir de 1989, Christophe Pellecuer, devenu conservateur du patrimoine, étend l’enquête à l’espace domanial, afin de saisir les variations de l’occupation des sols dans l’environnement de la villa. La fouille de Sainte-Cécile (1989-1990) a permis d’entrevoir les modalités de passage entre deux formes majeures de peuplement en Languedoc, de la villa au village. Des interrogations sur l’économie du domaine ont justifié la reprise des fouilles dans la villa, avec l’exploration des installations viticoles (1992-1994). Le chantier du Bourbou (1995-1998) a été déterminant pour compléter le schéma d’organisation de la production domaniale et cerner l’évolution d’un bassin versant exploité dans le cadre d’un grand ensemble foncier. Lorsqu’en 1999 débutent les travaux d’aménagement du site de la villa, l’étude de cas entreprise donne lieu à un mémoire universitaire de synthèse et sert de socle au programme muséographique du projet en devenir.
