Les indices d’une longue occupation de la résidence sont nombreux, comme la réfection des mosaïques détériorées ou les reprises de maçonneries. Cependant, d’autres témoignages, comme la faible représentation des céramiques du Ve et VIe siècle indique qu’après une embellie spectaculaire, succèderait une durable phase de récession qui conduira à l’abandon de l’établissement domanial.
Le secteur résidentiel va être modifié, avec la suppression des deux absides secondaires du triconque. On condamne des ouvertures pour en ouvrir d’autres, modifiant ainsi le système de circulation. Les lacunes d’usage dans les pavements sont colmatées avec des tesselles blanches ou du mortier, et on n’hésite pas à refaire des enduits muraux pour conserver un rôle d’habitation à une partie des appartements. Tout au contraire, la salle AA’ va perdre sa fonction initiale, avec la suppression des lambris de marbre. Une chape de béton de tuileau va être coulée sur les mosaïques. Ce grand espace deviendrait ainsi un espace utilitaire, peut-être un entrepôt.
Des appentis vont être greffés sur les façades en fonction des besoins. La cour va perdre de façon progressive sa galerie péristyle et son rôle de jardin. Des constructions utilitaires d’un type nouveau, comme cette cabane excavée qui a pu être fouillée, viendraient coloniser cet espace ouvert. Ces transformations affectant l’aspect de la villa iraient de pair avec de nouvelles conditions de vie pour ses derniers occupants aux prémices du Moyen Âge.
