Le site de la villa, avant l’arrivée des entreprises en 1999, est quelque temps encore le domaine exclusif des archéologues. Des interventions de fouille et de relevé ont encore lieu dans l’emprise de la résidence. Des tranchées de sondage sont ouvertes à l’emplacement des futurs aménagements à la périphérie des vestiges, occasionnant des découvertes. 

Au cœur du site archéologique, les vestiges font ensuite l’objet d’un remblaiement de graviers, faciles à retirer à l’aide d’un camion-pompe. La surface ainsi préparée, les matériaux peuvent être amenés et l’accès autorisé pour les engins mécaniques. L’impact sur les horizons archéologiques a été réduit au minimum, avec le creusement d’une quinzaine de micro-pieux totalisant moins de 10m2 d’affouillement pour un bâtiment de 1 000m2. Les structures prenant appui sur les dès de fondations, comme les réseaux indispensables, sont hors sol ou placés dans des remblais de nivellement.

À l’abri d’une toiture nouvellement posée, les corps de métiers vont se succéder pour des travaux spécialisés. Des élévations de blocs de petit appareil au mortier de chaux viennent combler les vides des tranchées de spoliation de murs antiques, revitalisant ainsi le plan de masse de la résidence tardive. Sous la direction de Manuel Sanz, la consolidation de la chambre d’hypocauste d’une abside est entreprise, certaines briques remplacées par des éléments modernes de même module. L’atelier de restauration interviendra en dernier lieu pour la pose des mosaïques restaurées.