Nabuchodonosor II disparaît en 562, sans doute à un âge avancé, et son décès marque une période de troubles dans l’histoire de la dynastie néo-babylonienne qui connaît trois rois successifs en six ans seulement.
La fin de la dynastie néo-babylonienne
Le dernier roi de la dynastie, Nabonide, dont la personnalité est peut-être la mieux documentée et la plus discutée, règne de 556 à 539, avant que le souverain perse Cyrus ne prenne Babylone en 539 et réalise l’intégration de la Babylonie à l’Empire perse-achéménide.
La conquête perse
À partir de sa conquête par les Perses, Babylone n’est plus le siège exclusif du pouvoir politique : pendant deux siècles, elle est une résidence royale et une capitale régionale importante. Les souverains perses, particulièrement à partir du règne de Darius Ier, pratiquent une monarchie ambulatoire. Si Cyrus partageait son temps entre trois villes – Babylone, Suse et Ecbatane – Darius Ier modifie le centre de gravité de son Empire vers la Perse et l’Élam, et se fait construire une nouvelle capitale à Persépolis ainsi qu’un immense palais à Suse.
La conquête d'Alexandre le Grand
Babylone retrouve une gloire éphémère en étant choisie par Alexandre le Grand comme capitale de son Empire. Alexandre monte sur le trône de Macédoine en 336 et entreprend la conquête de l’Empire achéménide. Il franchit l’Euphrate en juillet 331 et défait l’armée du roi perse Darius III lors de la bataille de Gaugamèles. Le 21 octobre 331 est marqué par son entrée dans Babylone, la prise de la ville se déroulant sans heurt apparent.
Alexandre fait plusieurs séjours à Babylone – il est, par exemple, attesté que le sol du palais royal est rehaussé durant la période hellénistique – et sa vie s’y est sûrement achevée le 11 juin 323 des suites du paludisme. Babylone échoit alors à la dynastie séleucide et continue de jouer un rôle important, même si le pouvoir glisse vers de nouvelles villes : Séleucie-du-Tigre près de Bagdad, ou encore Antioche et Apamée.
