Les sciences, en particulier l’astronomie et les mathématiques, montrent comment la culture babylonienne a essaimé dans tout le Proche-Orient. La Mésopotamie a ainsi vu la naissance de la notation positionnelle ainsi que du système sexagésimal, employé depuis la fin du troisième millénaire. 

L’influence de la culture babylonienne dans les mathématiques a d’ailleurs été remise en lumière très récemment, grâce une équipe australienne qui s’est intéressée à la tablette mathématique Plimpton 322, conservée à l’Université de Columbia et datée de la fin du deuxième millénaire av. J.-C. Ce texte, connu depuis 1945, présente une liste de quinze triplets de nombres qui vérifient le théorème de Pythagore ; ses résultats auraient pu être obtenus par un algorithme utilisé par les scribes babyloniens. De même, Mathieu Ossendrijver a découvert en 2016 que des savants babyloniens de la période hellénistique avaient développé des algorithmes très précis afin de calculer et de prévoir la distance parcourue par Jupiter dans le ciel. 

En outre, l’astronomie babylonienne a survécu dans l’ouest de la Méditerranée grâce à sa réutilisation par les savants grecs, aux époques hellénistique et romaine. La tablette 63 de la série astronomique Enuma Anu Enlil est, à ce jour, la plus ancienne liste d’observations des levers et couchers héliaques de Vénus. Elle date du règne d’Ammi-saduqa (1646-1626) et fut reprise ensuite par l’astronome grec Ptolémée au IIe siècle de notre ère pour concevoir sa géographie du ciel. Enfin, on doit aux Babyloniens un texte daté de 419 av. J.-C. donnant les douze signes du zodiaque, ainsi que les positions des planètes à différents moments de l’année. Nos douze constellations du zodiaque viennent certes de l’époque de Ptolémée, mais leurs formes, même si elles diffèrent dans certains détails, proviennent de la culture babylonienne.