Si, jusqu'en 1890 la Babylone antique fournissait généreusement sa documentation écrite, c'était en dehors d'un vrai contexte archéologique et son organisation urbaine restait un mystère.

C'est au moment où l'Allemagne de Guillaume II décida d'affirmer sa présence dans le Proche-Orient ottoman avec la fondation en 1898 de la Deutsche Orient-Gesellschaft que Babylone fut choisie pour être l'un des sites archéologiques phares de cette entreprise tout autant diplomatique que culturelle. 

La mission archéologique allemande que dirigea Robert Koldewey et qui fouilla Babylone de manière quasi ininterrompue de 1899 à 1917 modifia le traitement des vestiges de la Mésopotamie antique. En procédant aux relevés systématiques des vestiges qu'il dégageait, et en combinant ses connaissances de l'archéologie, de l'architecture et de l'urbanisme, R. Koldewey reconstitua toute la topographie de la partie de Babylone située sur la rive gauche de l'Euphrate.

S'enfonçant en certains endroits jusqu'à 20 m de profondeur, les archéologues allemands dégagèrent le secteur nord de la ville, en particulier le palais royal et la Porte d'Ishtar, plusieurs temples, une partie des murailles, les restes du pont sur l'Euphrate. Mais ils ne purent que constater que la tour de Babel était désormais réduite à un amas de quelques mètres de hauteur. Et, surtout, la présence sur le tell Amran ibn Ali d'un monument religieux en faisait un lieu de pélerinage interdisant toute fouille à grande échelle sur ce qui se révéla être l'emplacement du grand temple de Marduk, l'Esagil. 

Certaines des interprétations de Koldewey restaient pourtant très dépendantes de sa lecture d'Hérodote: lorsque l'auteur grec avait parlé de tel ou tel vestige, Koldewey s'y réfèrait systématiquement alors même qu'il démontrait par sa propre méthode l'impossibilité de certaines affirmations sur l'étendue de la ville ou la hauteur de ses murailles. 

Le produit de cette recherche sur Babylone, à laquelle Koldewey consacra sa vie est le fameux Das wiederestehende Babylon «Babylone ressucitée» (1913) que vint compléter en 1931 un travail original de confrontation des données archéologiques et des sources écrites, cunéiformes et gréco-romaines, produit par E. Unger sous le titre Babylon, die heilige Stadt nach der Beschreibung der Babylonier «Babylone, la ville sacrée, d'après la description des Babyloniens».