Les présentations antérieures ont été refondues et réinterprétées dans la tradition musulmane, qui s'inspire fortement de la vision biblique pour faire de Babylone un lieu de débauche et de savoir perverti.

La seule sourate du Coran qui cite explicitement Babylone, la Sourate de la vache (§ 102) évoque deux anges nommés Harut et Marut (dont les noms s'inspirent de deux entités du zoroastrisme iranien, Haurvatât et Ameretât), qui auraient fauté en ayant des relations charnelles avec une femme après avoir consommé du vin sans modération, et qui auraient proposé, avec la permission d'Allah, aux gens de Babylone de leur apprendre les techniques de la magie et de la sorcellerie, tout en les prévenant de leurs conséquences nuisibles. Le thème de la Tour de Babel est aussi présent dans le Coran, mais attribué au pharaon d'Égypte qui souhaite s'élever jusqu'au ciel pour rencontrer le dieu de Moïse.

Au IXe siècle, le théologien musulman al-Tabari raconte dans son Histoire des prophètes et des rois, comment Babil (Babylone) fut fondée par le roi Nimrod, qui eut l'occasion de discuter avec Abraham de la puissance de son dieu. Puis al-Tabari évoque les campagnes de Bukhtrashah, également nommé «Nabuchodonosor, fils de Nabuzeradan, fils de Sennacherib, fils de Darius, fils de Nimrod», contre Jérusalem et la destruction de la ville dont les trésors sont emportés à Babylone, avant que celle-ci ne passe des mains de son petit-fils, le roi Belshazzar, à celles de «Darius le Mède».

Dans le même temps où se transmettait cette tradition historique très hétérogène, les savants géographes arabes étaient encore en mesure de situer le site de la ville, même si ses principaux monuments avaient totalement disparu. La tradition juive était tout aussi avertie de l'emplacement de Babylone qui reçut ainsi au XIIe siècle la visite du rabbin Benjamin de Tudèle en Espagne. 

Et dès 1619, le gentilhomme romain Pietro della Valle identifie correctement le site de Babylone. Les mesures topographiques qu'il fournit sont reprises par le jésuite allemand Athanase Kircher dans un ouvrage sur la Tour de Babel publié en 1679.